本实用新型公开了一种减压真空柱层析装置，该装置包括：透明箱体、组分收集架和层析柱，该透明箱体包括无遮盖的箱体和可移动的密封盖，密封盖封盖住该无遮盖的箱体，使该透明箱体呈密封状态，该透明箱体的侧面有真空抽气孔，密封盖上还设置多个活塞阀门，该活塞阀门连接层析柱，该透明箱体的内部有组分收集架，组分收集架上放置有若干接收管，该接收管放置的位置与活塞阀门的位置对应，使接收管接收到对应位置的活塞阀门连接的层析柱分离出的物质。该箱体内部可呈现持续减压真空状态，同时，该箱体的密封盖上设置有多个活塞阀门，可形成多个柱层析的减压真空分离通道，可同时进行多个柱层析的减压真空分离，增加了分离效率。